马尾区纪委、区监委合署办公，内设12个职能部门：办公室、组织和宣传部、党风政风监督室、信访室、案件监督管理室、第一至第五纪检监察室、案件审理室、纪检监察干部监督室等12个部门。 

　　马尾区委巡察工作领导小组办公室为区委工作机构，设在区纪委。 

　　此外，还有区纪委下属事业单位区纪委清风管理中心及区委巡察工作领导小组办公室下属事业单位区巡察保障中心。

　　区纪委监委派驻纪检监察组11个。 

　　内设机构及职责简介 

　　办公室：负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草区纪委监委重要文件文稿,编报信息、简报；督促检查有关工作部署的落实情况；负责机关机要、保密、文电、档案工作等。 

　　组织和宣传部：根据干部管理权限，负责全区纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、制度建设和业务指导；负责区纪委监委机关各部门及直属单位、派驻（出）机构干部人事工作；组织和指导全区纪检监察系统干部教育培训工作等。负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及廉洁文化建设工作；负责机关的新闻事务和有关网络信息工作等。 

　　党风政风监督室：负责综合协调贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行、贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作、整治群众身边和扶贫领域的腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等方面工作等。 

　　信访室：负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举、控告；受理党员对区纪委作出的党纪处分或其他处理不服的申诉、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。 

　　案件监督管理室：负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理有关单位移交的相关问题线索以及下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告；归口管理审查调查有关协调事项；对调查措施使用进行监督管理，监督检查纪检监察机关依纪依法安全办案情况等。 

　　第一至第五纪检监察室：主要履行依纪依法开展监督检查和审查调查的职责。 

　　案件审理室：负责审理区纪委监委直接审查调查和下级纪检监察组织按规定需要报批或备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件；承办党员对区纪委作出的党纪处分和其他处理不服的申诉案件、监察对象对区监委作出的涉及本人的处理决定不服的申请复审案件等。 

　　纪检监察干部监督室：负责监督检查全区纪检监察系统干部遵守和执行党的章程以及其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；受理对有关纪检监察领导干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索初步核实及立案审查调查工作等。 

　　马尾区纪委监委派驻机构 

　　1.区纪委监委驻区委办公室纪检监察组 

　　2.区纪委监委驻区委组织部纪检监察组 

　　3.区纪委监委驻区委宣传部纪检监察组

　　4.区纪委监委驻区管政办公室纪检监察组

　　5.区纪委监委驻区财政局纪检监察组

　　6.区纪委监委驻区住房和城乡建设局纪检监察组 

　　7.区纪委监委驻区工业和信息化局纪检监察组 

　　8.区纪委监委驻琅岐经济区机关纪检监察组 

　　9.区纪委监委驻区公安局纪检监察组 

　　10.区纪委监委驻区人民检察院纪检监察组

　　11.区纪委监委驻区人民法院纪检监察组